A inicios del año 2000, tras un mal comienzo en el torneo, Manuel Pellegrini deja el equipo, al final esta decisión no sirvió de nada, LIGA por segunda vez desciende a la categoría B del fútbol Nacional.
Liga se estrenó el domingo 18 de febrero ante Audaz Octubrino en la Casa Blanca. Ganó con un claro 3-1 con dos goles de Pacheco y uno de Diego Ayala, pero el camino no fue así de fácil. Las diferencias con la serie A eran notorias. Los campos de juego en pésimo estado, los malos arbitrajes y el juego brusco sorprendieron a un plantel acostumbrado a disputar en los últimos años la Copa.
Conforme fueron pasando los partidos desaparecieron los fantasmas, el plantel mostró una gran mejoría en la segunda fase con un esquema ordenado. Santiago Jácome, Paúl Ambrossi, Carlos Tenorio y Pacheco constituyeron en figuras del plantel.
Cinco fechas antes de la terminación del certamen se aseguró el ansiado retorno al derrotar 4-3 al Santa Rita en Ponciano. Hoy se prepara para festejar el regreso con sus hinchas en su casa.
Fecha: 15 de octubre del 2001.
Partido: LIGA (0) vs. Deportivo Cuenca (0).
Estadio: Casa Blanca.
DT: Julio Asad.
Detalles: LIGA jugó 34 partidos, gano 20 encuentros, empató 9, perdió 5, sumando un total de 69 puntos, marcó 69 goles y recibió 32.
El 2003 es el año de la séptima corona de LIGA, consigue el título una fecha antes de culminar el torneo, para este año se logró conformar un equipo bastante sólido en todas sus líneas.
Fecha: 14 de diciembre del 2003.
Partido: LIGA (2) vs. El Nacional (1).
Estadio: Casa Blanca.
Campeones: Jacinto Espinoza, Santiago Jácome, Carlos Espínola, Geovanni Espinoza, Neicer Reasco, Alfonso Obregón, Patricio Urrutia, Alex Escobar, Paúl Ambrosi, Virgilio Ferreira, Franklin Salas.
DT: Jorge Fossati.
Detalles: LIGA jugó 46 partidos, ganó 27 encuentros, empató 10 y perdió 9, marcó 87 goles y recibió 52, sumó un total de 64 puntos.
Este año LIGA empieza a figurar en el escalón de la FIFA entre los grandes equipos de América y Europa, sus jugadores a más de esto eran la base de la selección nacional y Franklin “El mago” Salas era declarado el mejor futbolista ecuatoriano.
Para el 2005 la FEF decide cambiar el sistema del campeonato nacional que se venía jugando hasta entonces, la modalidad era la de dos torneos en un año, es decir el Torneo de Apertura y el Torneo de Clausura. La primera mitad del año, LIGA se llevó la gloria de un nuevo campeonato nacional.
Fecha: 24 de julio del 2005.
Partido: LIGA (3) vs. Barcelona (0).
Estadio: Casa Blanca.
Campeones: Cristian Mora; Geovany Espinoza, Carlos Espínola, Neicer Reasco, Christian Mora, Paúl Ambrossi, Patricio Urrutia, Gabriel García, Edison Méndez, Alex Aguinaga, Ariel Graziani, Roberto Palacios.
DT: Juan Carlos Oblitas
Detalles: LIGA jugó 24 partidos, ganó 16, empató 3 y perdió 5, sumando un total de 51 puntos, se consiguió anotar 61 goles y se recibió 28.
A finales del 2006, llega a la dirección técnica de LIGA, Edgardo Bauza, su inicio de temporada en el 2007 no fue muy bueno, fueron momentos difíciles los que se vivieron en aquel momento, la hinchada de LIGA pedía la salida del cuerpo técnico, sin embargo, al final del año, el rosarino Edgardo Bauza con la colaboración de su cuerpo técnico, Bruno Militan (preparador físico) José Dileo (asistente técnico) y Oscar Manis (preparador de arqueros) llegaba a su novena estrella.
Fecha: 5 de diciembre del 2007.
Partido: LIGA (2) vs. El Nacional (1).
Estadio: Casa Blanca.
Campeones: Alexander Domínguez; Jairo Campos, Norberto Araujo, Renán Calle; Patricio Urrutia, Joffre Guerrón, Enrique Vera, Luis Bolaños, Israel Chango, Cristian Lara; Luis Miguel Escalada.
DT: Edgardo Bauza.
Detalles: LIGA jugó 46 encuentros, (36 en las dos fases de ida y vuelta más 10 encuentros de la liguilla final) en la tabla acumulada sumó 61 puntos merced a 18 victorias, 7 empates, perdió en 11 ocasiones, anotó 64 goles y recibió 37, clasificó a la liguilla final con 4 puntos de bonificación.
En la liguilla final, LIGA ganó 7 partidos, empató en 2 y perdió 1 (última fecha) sumó 27 puntos, anotó 13 goles y recibió 4, LIGA se coronó campeón nacional invicto en esta liguilla, perdió en la última fecha ante Olmedo cuando ya había conseguido el título ante El Nacional, por lo que este encuentro, LIGA presentó un equipo alterno.
Hasta aquí hemos hecho un recorrido a lo largo de estos campeonatos conseguidos por LIGA, años de historias, de triunfos, alegrías y en ocasiones penas.
